Bilangan prima juga memiliki fungsi yang sangat berguna dalam menjaga password dan pesan rahasia. Caranya melalui proses kriptografi, yaitu teknik untuk mengirimkan pesan rahasia secara aman. Pesan rahasia yang biasa ditulis akan dienkripsikan menjadi angka agar tidak mudah dicuri oleh peretas. Angka tersebut didapat dari hasil perkalian dari 2 bilangan prima.